Los sistemas de manejo a menudo necesitan incluir instalaciones que permitan la identificación de animales particulares. Teniendo en cuenta que los animales se encuentran en un entorno desconocido y que pueden no tener mucha experiencia de manejo, este procedimiento puede ser estresante. Unos buenos sistemas permiten el movimiento casi continuo de animales y minimizan la permanencia en las mangas durante largos periodos de tiempo. Las puertas que dividen las mangas entre animales pueden impedir que suban y bajen por la manga o que carguen contra las puertas frontal y trasera y se lesionen. Las puertas también reducen la agresión entre grupos de animales desconocidos.
Se debe designar mangas de identificación para proporcionar un acceso fácil a las cabezas de los animales, con la menor necesidad posible de inmovilización física. Las mangas de identificación a menudo tienen yugo para los animales más difíciles, pero no se deberían utilizar con todos los animales. El uso de un yugo cuando no sea imprescindible es una fuente innecesaria de estrés para el animal.
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